Herramientas computacionales locales y remotas

REF: https://www.nas.nasa.gov/hecc/support/kb/x2go-an-alternative-to-x11-and-vnc_651.html

El cliente x2go permite conectarse a un servidor x2go y tener un escritorio remoto encriptado a través de ssh, y es muy rápido. Actualmente, la mayoría de los nodos internos ofrecen un servidor x2go. El servidor principal de login no tiene un servidor x2go, para evitar que se realicen trabajos allí. Usted se conectará a los clientes internos (ips en el rango 192.168.10.[2-29]) usando el servidor externo como puerta de entrada (ip 168.176.35.111).

Note que x2go NO soporta OpenGL.

La aplicación xpra, https://xpra.org/index.html, permite realizar una conexión gráfica que además soporta opengl, de manera que se peuden realizar visualizaciones con paraview y demás. Ustede debe descsrgar la aplicación para su sistema operativo, desde https://github.com/Xpra-org/xpra/wiki/Download , e instalarla. Una vez haga esto, ejecútela. Obtendrá una ventana como la siguiente:

Luego de click en star, y alli configure la conexion al servidor. NOTA: Esta es una conexion al servidor login. Realice tareas livianas de manera que no sobre cargue el servidor.

Una vez configurado le da click en start and attach.

Existen algunas aplicaciones que requieren OpenGL para su funcionamiento. OpenGL no está soportado en x2go. Para resolver esto se puede usar un servidor vnc con soporte OpenGL (como turbovnc), pero esto requiere a su vez requiere varias cosas (ver https://docs.hpc.cam.ac.uk/hpc/user-guide/turbovnc.html , https://www.osc.edu/resources/available_software/software_list/turbovnc) :

• Activar el servidor vnc dentro de un cliente de la sala de cómputo (con su configuración respectiva)
• Crear un túnel local que direccione el puerto del cliente a un puerto local.
• Conectar turbovnc al túnel local.

Para realizar lo anterior, se indican a continuación las instrucciones específicas que ya han sido probadas y funcionan, pero debe seguirlas correctamente:

1. Activación del servidor vnc en un cliente interno:

   1. Entre (por ssh o x2go) al cliente interno en donde va a ejecutar el servidor vnc. Allí ejecute el siguiente comando para cargar el paquete de turbovnc

       source /packages/spack/share/spack/setup-env.sh
       spack load turbovnc
      

   2. NOTA: este paso se realiza una sola vez: configurar al password de acceso al servidor, ejecutando el comando

      vncpasswd
      

      y escribir el password dos veces.

   3. Ejecutar el servidor vnc y tomar nota del puerto asignado: Ejecutar

      vncserver
      

      Al crear el servidor se asigna un puerto de la forma 590R. Es importante anotar ese valor de R. Este número es el que aparece cuando se ejecuta el comando vncserver como un mensaje en la consola que dice algo como /home/$USER/.vnc/sala2.salafis.net:R.log) o cuando se ejecuta el comando

      vncserver -list
      

      en donde el número R aparece debajo de X DISPLAY.

2. Creación del tunel:

   1. Ejecutar el siguiente comando, reemplazondo R por su valor correcto (se asume que se desea conectar al cliente interno que termina en .2):

      ssh -f -N -p 22 USUARIO@192.168.10.2 -J USUARIO@168.176.35.111:443 -L 590R:localhost:590R
      

      evidentemente debe reemplazar USUARIO por su nombre de usuario. Puede ser que el comando se quede ejecutando sin hacer nada más. Déjelo así y no cierre la ventana en donde lo ejecutó. Este comando debe ejecutarse en una terminal. Más abajo se muestra también como configurarlo en putty o kitty.

3. Conectarse usando el cliente turbovnc:
   1. En su computador debe tener instalado el turbovnc viewer (descargarlo de https://sourceforge.net/projects/turbovnc/files/ , para windows es el archivo que termina .exe o .msi) .

   2. Ejecutar turbovnc, y cuando pida los datos de conexión se coloca

      localhost:590R
      

      reemplazando R por el valor correspondiente. Se escribe el password correspondiente que se creó con vncpasswd y con esto se abre un escritorio que tiene soporte para opengl. Se puede verificar abriendo una consola y escribiendo

      glxgears
      

Actualmente (2023-02-22), la red wireless UNAL restringe el protocolo ssh y esto hace que no pueda establecerse conexión con el servidor cuando se está dentro del campus conectado a la red UNAL. A pesar de solicitar la solución varias veces no ha sido posible resolver este problema y por tanto se plantea acá una solución alternativa: usar una vpn. En la lista de videos puede encontrar uno que muestra el procedimiento: https://www.youtube.com/playlist?list=PLxbXsIEaf05oGM0i-HrMVdClxPyrIsq4e

Los pasos a seguir son:

• Instalar tailscale (el video de antes muestra esto en Windows, pero puede ser usado en linux, mac, android): https://tailscale.com/
• Enviar un email el encargado de la sala informando su usuario de github (si no lo tinee, debe crearlo, idealmente con e correo de la unal).
• Esperar la confirmación de haber sido añadido a la organización correspondiente.
• Abrir tailscale usando la cuenta de github, luego seleccionando una multinet asociada a la organización que se le informó.
• Conectarse siguiendo los mismos pasos pero cambiando el ip tradicional del servidor (168.176.x.x) por el que muestra tail scale para serversalafis.

La conexión dentro del campus será rápida. Fuera del campus será más lenta porque debe enrutarse a servidor externos y entonces es preferible usar el método tradicional. Se le recomienda tener dos sesiones de x2go, una con el ip tradicional y otra con tailscale.

Por favor revise de nuevo la sección de 2go ya que allí se describe una manera gráfica de compartir un directorio entre el computador local que usa y el escritorio remoto.

También ss posible copiar archivos desde o hacia la sala de cómputo, usando la línea de comando. La forma exacta de hacerlo va a depender del putno de origen y destino. A continuación se muestran algunos ejemplos específicos.

• Instalar virtualbox en su computador. Lo pueden descargar de https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads . Existen instaladores para Windows, linux, mac.
• Instalar virtualbox extension pack tambien descargando del mismo sitio (como ven la versión debe coincidir con la de virtual box). Le dan doble click y lo abren con virtualbox. Esta utilidad les permite soportar USB3, compartir directorios entre el host (su computador) y el guest (la máquina virtual), etc.

• Descargar la siguiente imagen de maquina virtual que se ha creado (aprox 5.0 GB): https://tinyurl.com/Slack64-VirtualBox (Debe descargar el archivo único d extensión .ova):

  

• Abrir virtualbox e importar la maquina virtual recién descargada : File -> Import Appliance (importan el archivo box.ova):

  

• Si lo desean puede cambiar alguna configuración, como añadir más memoria RAM y aumentar el número de procesadores asociados. No cambie la configuración de red a menos que sepa lo que está haciendo:

  

  Este proceso puede tardar varios minutos

• NOTA: Si después de importar exitosamente la máquina virtual usted la inicia y ésta lo lleva a una shell interactiva de uefi como la siguiente:

  

  se le sugiere que apague la máquina virtual, entre a settings y en sistema desactive la opción de UEFI como muestra la siguiente figura:

  

  Después de esto podrá iniciar la máquina virtual sin problema.

Si desea poder leer y escribir desde la máquina virtual en un directorio compartido entre su host y la máquina, debe crear un directorio compartido siguiendo configurando la máquina virtual (apagada) así: va a Settings -> Shared Folders, da click en el ícono que tiene una carpeta con un signo +, en Folder Path navega en su sistema host y escoge el directorio que desea compartir, en folder name le coloca el nombre shared (obligatorio), deja SIN marcar Read-only y Auto-mount, si le sale la opción lo marca como permanente, y listo. La máquina virtual está configurada para que cada vez que inicia intenta montar el directorio compartido llamado shared en la ruta /media/hd. Allí podrá encontrar sus archivos compartidos.

NOTA: En caso de tener problemas de acceso, como falta de permisos para poder acceder a la carpeta compartida, debe añadir al usuario live al grupo vboxsf. Esto se hace convirtiendose en root,

su -

(debe escribir la contraseña de root, que es vagrant), y luego ejecutar el siguiente comando

usermod -a -G vboxsf live

Reinicie.

• Iniciar la máquina virtual (dándole start) y esto debería iniciar un linux sin problema. El nombre de usuario es live, dan enter, y el password es live . Pueden configurar la resolución en el menú View de virtualbox, escogiendo la resolución o el escalamiento que deseen. También, habiendo iniciado a linux, en settings pueden cambiar la resolución de la pantalla para que se vea mejor en sus computadores. 


  

• La máquina virtual tiene configurada la consola y el emacs tradicional. También se ha configurado el teclado para que sea latinoamericano, como la mayoría de sus teclados. El entorno gráfico es Xfce 4.16 (muy liviano), y tiene el navegador básico (firfox 78), libreoffice, editores, compiladores, etc.

  

Se supone que ya ha instalado unebootin. Ejecute el programa y configurelo como muestra la figura. En este caso se han asignado 5Gb (depende del tamaño de la memoria, puede ser aproximadamente igual tamaño total menos 4GB) para la persistencia (solamente funciona con Ubuntu), y CERCIÓRESE MUY BIEN DE SELECCIONAR EL NOMBRE EXACTO DE LA UNIDAD DE USB DRIVE, porque de otra manera puede arriesgarse a formatear su computador. El nombre que aparece en la figura es típico de Mac Os X. En Windows debe ser de la form D: o similar.

Como en este caso no se ha descargado previamente ubuntu, unebootin lo hará por usted pero eso quiere decir que se tomará un buen tiempo porque son apróximadamente 3 GB. En la figura se muestra esta etapa

Luego se comenzarán a copiar los archivos de la imagen iso recién descargada a la usb, como muestra la figura

Mas adelante unetbootin configurará la persistencia y finalmente terminará mostrando una ventana como la siguiente

Ahora tiene lista su usb con persistencia. Lo que queda es simplemente que mantenga la usb en el puerto usb, apague y encienda su máquina y la haga bootear desde la usb (depende del modelo del comoutador, a veces es presionando F2, otras F12, debe buscar en google), y su computador cargará este linux de la usb y usted podrá usar linux , sin haberlo instalado, y con todas las capacidades de su máquina.

https://www.ventoy.net/en/index.html

https://www.balena.io/etcher/ This allows to easily burn any iso and any platform.

Por ejemplo, si desea usar la librería openblas, debe escribir lo siguiente en la consola

spack load openblas

Algunas veces aparecen varias versiones, como en este caso, que el comando anterior indicará lo siguiente:

==> Error: openblas matches multiple packages.
  Matching packages:
    wrycfcg openblas@0.3.20%gcc@12.2.0 arch=linux-slackware15-x86_64
    5tw4ktw openblas@0.3.20%gcc@12.2.0 arch=linux-slackware15-x86_64
    62jarbg openblas@0.3.21%gcc@12.2.0 arch=linux-slackware15-x86_64
  Use a more specific spec (e.g., prepend '/' to the hash).

En ese caso se puede escoger la veersión siguiendo la instrucción indicada. Por ejemplo,

spack load openblas/62

cargará la version 0.3.21 . Para descargar/limpiar el entorno, puede usar

module unload openblas

o

module purge

Si desea ver todos los paquetes instalados, puede usar

spack find

que mostrará una larga lista como

-- linux-slackware15-x86_64 / gcc@12.2.0 ------------------------
alsa-lib@1.2.3.2                    gl2ps@1.4.2                          libxft@2.3.2             py-meshio@4.4.6
alsa-lib@1.2.3.2                    gl2ps@1.4.2                          libxkbcommon@1.4.0       py-mpi4py@3.1.2
apr@1.7.0                           gl2ps@1.4.2                          libxkbfile@1.0.9         py-mpi4py@3.1.2
apr-util@1.6.1                      gl2ps@1.4.2                          libxml2@2.10.1           py-numpy@1.23.2
armadillo@10.5.0                    glew@2.2.0                           libxml2@2.10.1           py-numpy@1.23.2
arpack-ng@3.8.0                     glew@2.2.0                           libxmu@1.1.2             py-petsc4py@3.17.4
arpack-ng@3.8.0                     glew@2.2.0                           libxp@1.0.3              py-pillow@9.2.0
...

Si requiere algún software particular que no esté instalado, debe llenar el formulario https://forms.gle/GyaSL8d1rxFAry9U8 .

Tambien puede usar módulos. En este caso, para saber cuáles están instalados, puede usar

module avail

y cargar el módulo con el nombre correspondiente

module load openblas-0.3.21-gcc-12.2.0-62jarbg

De la misma manera, con unload o purge puede limpiar el entorno.